成立于1958年春。1963年，在周恩来总理亲自倡导和关怀下，国务院批准成立福建第二师范学院，由此开启本科教育之扉。1986年原国家教委批准复办福建第二师范学院，并更名为漳州师范学院。1992年获得学士学位授予权。2000年顺利通过教育部首批师范院校本科教学工作合格评估。2003年被增列为硕士学位授予单位。2007年被列为福建省重点建设高校。2008年以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。2012年获批服务国家特殊需求的闽南文化与两岸交流研究博士人才培养项目。2013年4月，更名为闽南师范大学。2016年完成教育部本科教学工作审核评估。2017年被确定为福建省2018-2020年博士学位授予培育单位立项建设高校。2018年成为福建省一流学科建设高校。2018年9月，服务国家特殊需求博士人才培养项目全票通过国务院学位委员会评审。2021年获批博士学位授予单位。2022年成为福建省“双一流”建设高校。
学校现有北江滨、圆山两个校区，占地面积2218亩。现有本科专业68个，涵盖文学、工学、理学、教育学、管理学、经济学、法学、艺术学、农学和历史学十大学科门类，全日制普通本科生、研究生21835人。现有专任教师1371人，其中具有高级职称的教师710人，具有硕士、博士学位的教师1173人。
