两者之间的区别：
1、本科段是本科专业的一部分，与其基础科段有直接的衔接关系。而独立本科段是在专科层次起点基础上又独立于专科层次的自学考试专业类型，这类专业与同专业的专科没有直接的衔接的关系。
2、实际上本科段意思就是和这个专业的大专课程相互衔接的。一般来说，这一类专业如果你不是该专业大专毕业的话，可能学起来会比较吃力，因为他的许多课程都跟大专(在本科段的专业中，其大专阶段会称为基础科段)有关联，假定你已达到了这个专业的大专水平;而独立本科段是指大专和本科相互独立，没有衔接关系，如果直接开始学习的话相对困难会小一些。
3、两类专业都是专科起点专业，也都是持有国家承认学历的专科(或专科以上)毕业证书或正在专科(或专科以上)就读者才可报考。考生在达到规定的毕业要求后，也都可获得本科毕业证书，符合相关要求者，还可申请并获得学士学位。
独立本科段和本科段，在你选择专业时基本上没有实质性的区别，不管你是不是这个专业的大专毕业都可以选择。而所有自考的本科前提是都需要已经获得大专毕业证书才可以，自考并没有专门高中起点本科的选择。当然，你可以先报名参加考试，因为大专毕业证书是要等到你完成全部科目以后申请毕业时才审核的。
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