自考生的学籍档案材料原件应及时归到自己的人事档案中，存放在相关人事部门。由于自考是社会性考试，考试机构只负责考生的学籍管理，不负责其人事档案管理。所有自考生从注册报考那天起，就在市自考办的相关系统中，自动生成学籍档案，一经建立，长期有效。
考生取得毕业证书时，市考办会将毕业证书与学籍档案材料原件一起发到考生手中，考生要自行存放学籍档案。自考毕业档案（Autoditacte graduation archives）即自学考试毕业生登记表，是指通过高等教育自学考试取得本科或者是专科文凭的毕业生所取得的学籍和毕业档案。
里面包含着毕业生自学考试期间所取得的全部合格的自学考试本科或者是专科课程的成绩、实践论文成绩、毕业生个人的信息、省自考办和主考院校共同对毕业生的毕业审定结论和盖的印章等相关毕业生的档案信息内容。同时也是自学考试本科毕业生考研和考国家公务员和地方公务员重要人事档案及录取的重要调档的凭证。如果半年后，自学考试本科毕业生取得主考院校所颁发的学士学位证书，还会有主考院校发给盖有主考院校印章的学士学位审定表一份，和毕业生登记表合并一起，成为自学考试本科生的最后的毕业档案。
自考本科或者是专科毕业档案一般由省自考办和主考院校共同签署印章方可有效，一般一式三份，省自考办和主考院校各留一份存档，另一份由考生本人交所在单位或者是人事考试中心存档。
在职人员由考生所在单位的人事（劳资）部门的负责人写出评语，加盖单位公章；非在职人员由乡政府或街道办事处审核并写出评语，加盖公章。经市自考办、主考院校、省自考委三级审核后，符合条件者，发给毕业证书及毕业生档案。
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