南京农业大学成人高等教育起步较早，从1957年起就开办了函授农学专业本科班和特别班。1983年经原国家教委、农牧渔业部批准，成立了中央农业管理干部学院南京农学院分院，后更名为中央农业干部教育培训中心南京农业大学分院。1992年成立成人教育学院，2010年3月更名为继续教育学院。

       目前，继续教育学院和中央农业干部教育培训中心南京农业大学分院两块牌子，一套班子。下设办公室、培训科、教务科、招生自考办公室及远程教育科五个科级管理机构，专门负责学校成人学历教育和非学历教育(各类培训)的办学和管理。 学历继续教育：成人教育:办学形式有函授、业余，办学层次有高起本、专升本、高起专，本、专科专业共30多个，涉及农、工、理、管理、经济等门类。