1994年学校成立成人教育处，1995年更名为成人教育学院，1999年成立继续教育学院。学院内设教学管理科、继续教育科、学生管理科、办公室4个科室，作为学校的行政管理部门，负责统管全校的继续医学教育、进修教育、住院医师规范化培训、专科医师规范化培训、高等学历继续教育、高等教育自学考试、有关非学历教育培训，以及全省卫生专业技术人员继续教育知识更新培训等工作。
哈尔滨医科大学是全国医学院校中最早举办成人高等学历教育本科的院校之一，从1956年3月至1966年5月，招收了五期共975名夜大学学员。“文革”后于1981年恢复招生，开设了夜大学本科临床医学、护理学、基础医学、医学检验学、放射线等专业及专科卫生管理专业；以后陆续开设不同办学形式和办学层次的口腔医学、护理学、预防医学、临床医学、公共事业管理、医学检验学、医学影像学和药学专业。1997年受原卫生部地病司委托，开设成人高等教育脱产专科预防医学专业，面向全国招生。1984年至2016年共毕业本专科32951人,其中专科20024，专升本11435人，高起本1492人。1989年我校成为黑龙江省高等教育自学考试护理学专业唯一主考院校。1996年夜大学经原国家教委和省教委全面评估被评为办学优良学校。2006年我校被教育部评为全国成人高校招生工作先进集体，被省教育厅评为全省成人高等教育工作先进单位。2013年在教育厅全省高等学历继续教育（成人高等教育）教学工作检查过程中，我校被确定为首家示范单位。
