1998年经国务院批准原新疆医学院、原新疆中医学院合并成立新疆医科大学，同年9月经自治区机构改革领导小组批准原新疆医学院成人教育学院和原新疆中医学院成人教育部合并成立新疆医科大学成人教育学院； 2009年3月经自治区编委批准学院更名为新疆医科大学继续教育学院，同时挂“自治区卫生干部培训中心”牌子；2001年新疆医科大学和北京大学医学部联合建立了新疆医学网络教育中心，中心设在继续教育学院（原：成人继续教育学院）。
学校设有办公室、教学部、学生科、自考办、培训部五个部门。近几年随着学校改革的不断深入，学院解放思想，转变观念，大胆创新，积极适应社会需求，树立质量教育观念和市场经济意识。在积极深化教育体制改革的过程中，对招生计划、专业设置、教学大纲、课程设计、实验实习、教学管理、考核发证等各个环节进行精心设计，使学校成人教育更加符合时代特征，符合国家的教育方针，符合成人教育的规律和学校的特点。同时，学院加大了继续医学教育工作力度，增加了卫生管理干部的培训工作，并积极开展社会卫生行业培训工作。
